木马玩法主要体现为祈愿木马这一特色互动系统。玩家可以通过祈愿木马向其他玩家发起祈愿或接受他人的祈愿，系统内包含丰富的游戏道具、忍者碎片等奖励。这种玩法本质上是一种社交互动机制，通过资源互助的形式增强玩家间的联系，同时为角色培养提供额外资源获取途径。祈愿木马的核心在于祈愿与助力两个环节，前者是主动发起需求，后者则是回应他人需求，两者都能带来不同形式的奖励回报。
获取祈愿木马的主要方式包括完成日常任务、参与限时活动、购买特权卡以及好友互助。日常任务作为基础来源，要求玩家坚持完成每日目标；限时活动则往往提供更丰厚的阶段性奖励；特权卡属于付费快速获取渠道；而好友互助则强调社交关系的价值。需不同获取途径的效率和稳定性存在差异，合理搭配多种方式才能实现资源最大化。祈愿木马作为辅助系统，不应过度依赖，需与主线玩法保持平衡。
祈愿木马的实际操作分为三个关键步骤。首先是祈愿环节，玩家需在界面选择目标奖励并消耗木马数量发起请求，奖励类型和数量将影响后续助力效果；其次是助力环节，其他玩家可选择符合自身需求的祈愿进行支援，成功助力后双方均能获得回馈；最后是兑换环节，当积累足够数量的木马时，可兑换稀有道具或特定忍者碎片。这三个步骤形成闭环循环，要求玩家在资源分配和社交互动方面做出策略性选择。
从策略层面看，有效利用祈愿木马需要注意多个细节。奖励选择上应优先考虑稀缺资源和高性价比道具；时机把握上要关注活动周期和好友活跃时段；社交维护方面需要建立稳定的互助关系网络。系统虽然不直接影响战斗数值，但通过资源积累间接提升角色培养效率。木马玩法与游戏内其他系统存在联动，比如部分活动任务会要求完成特定次数的祈愿或助力，这种设计增强了玩法的综合价值。
在火影手游的战斗场景中，木马元素还以特殊机制的形式出现。当角色受到连续攻击时会进入短暂的木头状态，无法进行任何操作，这种设定增加了战斗的策略维度。玩家需要预判对手行动来避免陷入被动，同时也需把握时机将敌人打入该状态以创造优势。这种机制与传统的木马概念形成巧妙呼应，将互动元素自然融入战斗系统，展现出玩法设计的多样性。
